2018-01-08 10:41:36
近日，由西北農(nóng)林科技大學(xué)牽頭完成的“Genetic architecture and selection of Chinese cattle revealed by whole genome resequencing”研究論文，在線發(fā)表在遺傳學(xué)、進(jìn)化生物學(xué)領(lǐng)域國際著名學(xué)術(shù)期刊《Molecular Biology and Evolution》（中科院一區(qū)TOP期刊，2016年影響因子為6.202，近5年影響因子14.558）。動科學(xué)院梅楚剛博士和王洪程博士為共同第一作者，昝林森教授為通訊作者。
我國是世界上牛品種最多的國家之一，地方黃牛品種多達(dá)52個，這些地方品種由于生存在不同的自然環(huán)境中，受生態(tài)多樣性和長期人工馴化的影響，形成了家養(yǎng)牛中極為豐富的遺傳多樣性和各具特色的優(yōu)異種質(zhì)特性和經(jīng)濟(jì)性狀，遺傳資源豐富，具有極其重要的研究價值，然而，國內(nèi)仍缺乏從全基因組水平針對我國黃牛品種開展進(jìn)化和生物學(xué)研究。昝林森教授團(tuán)隊對分布在中國不同地區(qū)的秦川牛、南陽牛、魯西牛、延邊牛、云南黃牛、雷瓊牛等 6 個主要黃牛品種以及安格斯牛、黑毛和牛2個引進(jìn)的專門化肉牛品種共8個品種進(jìn)行了全基因重測序，并結(jié)合國外現(xiàn)有7個牛品種的測序數(shù)據(jù)，開展了中國黃牛群體歷史和適應(yīng)性研究，構(gòu)建了中國黃牛全基因組遺傳變異數(shù)據(jù)庫。該研究共檢測到了 5722萬個SNP和 527萬個InDel，通過與牛的現(xiàn)有遺傳變異數(shù)據(jù)庫（dbSNP140）比對，結(jié)果顯示超過一半的 SNP(59.90%)和InDel(72.45%) 為最新發(fā)現(xiàn)，從而極大地豐富了世界上牛的遺傳變異數(shù)據(jù)庫，印證了中國黃牛具有豐富的遺傳多樣性這一特征，同時也說明了中國黃牛具有極其重要的潛在價值。該研究還表明了大部分中國黃牛在進(jìn)化過程中經(jīng)歷了兩次群體擴(kuò)張和兩次次瓶頸效應(yīng)，而且在品種形成中受到普通牛和瘤牛兩種血統(tǒng)的影響。此外，通過全基因組選擇分析，挖掘了一些與產(chǎn)肉、產(chǎn)奶、毛色、抗逆等重要性狀相關(guān)的重要區(qū)域和功能基因。
此前，昝林森教授團(tuán)隊還針對我國大額牛（又稱獨(dú)龍牛）進(jìn)行了全基因組測序研究，相關(guān)結(jié)果發(fā)表在2016年第1期《Scientific Reports》（JCR一區(qū)，IF=5.228）。大額牛是一種瀕危的半野生牛種，主要分布在我國云南貢山縣獨(dú)龍江一帶，它的染色體數(shù)目與家牛（包括普通牛和瘤牛）和印度野牛都不同，其起源存在很大爭議。昝林森教授團(tuán)隊通過測序分析，表明大額牛在歷史進(jìn)化過程中同樣經(jīng)歷了兩次群體擴(kuò)張和兩次次瓶頸效應(yīng)，它是雄性野牛和雌性家牛雜交進(jìn)化而來的一個獨(dú)特牛種。
昝林森教授團(tuán)隊上述系列重要科研成果為我國地方黃牛遺傳改良、資源保護(hù)利用以及肉牛新品種（系）培育等提供了重要科學(xué)依據(jù)。該項研究工作得到了國家863計劃、國家自然科學(xué)基金、國家肉牛牦牛產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系專項以及陜西省科技統(tǒng)籌創(chuàng)新工程計劃等資助，深圳華大基因股份有限公司等單位協(xié)作。
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