2023-04-18 14:25:19
日前，“家驢一號(hào)”全球首款家驢基因組檢測液相芯片由西北農(nóng)林科技大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院黨瑞華課題組聯(lián)合青島農(nóng)業(yè)大學(xué)孫玉江教授團(tuán)隊(duì)和博瑞迪生物技術(shù)有限公司聯(lián)合研發(fā)。
該芯片是基于黨瑞華和孫玉江博士團(tuán)隊(duì)長期積累的國內(nèi)外驢種性狀測定和全基因組數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)，結(jié)合博瑞迪GBTS技術(shù)體系中的GenoBaits?技術(shù)，創(chuàng)制出的具有國內(nèi)完全自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的“中國芯”。
該產(chǎn)品的發(fā)布可為中國家驢種源鑒別、資源保護(hù)、血統(tǒng)鑒定、親子鑒定、分子標(biāo)記輔助育種和全基因組選擇育種提供高效、低價(jià)的應(yīng)用工具，其相關(guān)研究成果也將為中國家驢專門化品種選育工作提供有力的技術(shù)支撐和指導(dǎo)依據(jù)。
眾所周知，國內(nèi)肉驢市場潛力大，驢肉和驢皮供不應(yīng)求。但養(yǎng)殖端效益并不高的一個(gè)重要原因是缺乏專門化驢品種。為解決傳統(tǒng)育種周期長的痛點(diǎn)，充分利用我國豐富的家驢品種資源，“家驢一號(hào)”利用基因組選擇技術(shù)，可在選育早期評估種驢的育種值，幫助牧場做出正確育種決策。本產(chǎn)品是全球首款家驢基因檢測和品種選育產(chǎn)品，將為驢品種鑒定、資源保護(hù)、本品種選育等工作提供有效的輔助。
該芯片設(shè)計(jì)基于中國家驢16個(gè)品種包括西藏驢、云南驢、淮北灰驢、新疆驢、吐魯番驢、和田青驢、泌陽驢、德州驢、滾沙驢、關(guān)中驢、佳米驢、慶陽驢、涼州驢、太行驢、廣靈驢、庫倫驢共165頭，國外驢品種82頭（吉爾吉斯斯坦驢7頭、肯尼亞驢17頭、尼日利亞驢6頭、埃及驢8頭、埃塞俄比亞驢10頭、西班牙驢18頭、伊朗驢8頭、澳大利亞驢8頭）及野驢7頭的全基因組測序結(jié)果，包含品種多，篩選獲得共45,894個(gè)SNP位點(diǎn)，適用性廣。
芯片共有45,894個(gè)SNP標(biāo)記，均勻分布在全基因組范圍，能在低成本的基礎(chǔ)上，有效地捕獲因果突變及連鎖單倍型。在早期選育階段，可利用先驗(yàn)GWAS結(jié)果，提高基因組選育工作的進(jìn)展，制定合理的選配策略。另外，芯片密度可以靈活調(diào)整，隨時(shí)補(bǔ)充位點(diǎn)。
SNP檢出率是衡量芯片質(zhì)量的重要指標(biāo)，一般用常染色體和X染色體的位點(diǎn)進(jìn)行衡量。經(jīng)樣本測試，“家驢一號(hào)”的SNP平均檢出率為98.5%—99.1%，均超出95%的標(biāo)準(zhǔn)檢出率，表明“家驢一號(hào)”的基因型檢測質(zhì)量良好。
此外，應(yīng)用“家驢一號(hào)”的SNP位點(diǎn)集合開展的驢群體遺傳結(jié)構(gòu)分析，可清晰地將中國家驢與外國驢品種區(qū)分開，表明該產(chǎn)品適用于驢群體遺傳多樣性研究和分析。
全媒體記者 郭媛媛 通訊員 趙興
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